八、卫生、质检与海关
卫生
2003年非典型性肺炎爆发，双方在应对非典疫情中开始在卫生领域的正式合作。目前中国同东盟建立了卫生部长会议、高官会议机制，取得丰富的合作成果。
首届中国－东盟卫生部长会议于2006年6月在缅甸仰光举行。此次会议确定中国－东盟卫生部长会议每两年举办一次，在部长会议之前举行高官会议。中国与东盟国家也确立了卫生领域的国家联络人。迄今已举行三届中国－东盟卫生部长会议。
－－传染病防控
2006年10月，在北京举办中国－东盟艾滋病实验室网络培训班，为东盟培训艾滋病实验室网络技术人员20人。2006年11月，在北京举办中国－东盟传统医药防治艾滋病研讨会。
2007年，卫生部在北京举办了中国－东盟人感染高致病性禽流感防控进展研讨会。2007年10月至11月，在北京举办两期人禽流感实验室诊断技术培训班，培训了东盟9国共18名人禽流感实验室诊断技术人员。
2008年6月起，东盟与中日韩传染病信息通报网站正式开通，实现了中国与东盟国家在新发传染病领域的疫情信息共享，促进各国传染病控制工作更好开展。
2009年5月，东盟与中日韩应对甲型H1N1流感卫生部部长特别会议在泰国曼谷召开。在此次会议上，中方提出由中国为东盟国家培训甲型H1N1流感病毒实验室检测技术，并向东盟国家提供用于科学研究的诊断参考试剂。
－－传统医药合作
2008年10月，在北京举办中国－东盟传统医药规范化实践研讨会。2010年8月，在北京举办中国－东盟中医优势与传统医药发展研讨会。2011年，中方组织了中医保健东盟行活动。
－－口腔医学合作
2008年11月，中国－东盟口腔医学交流论坛在南宁举办，为中国以及东盟各国开展口腔医学教育、学术交流、专业培训等方面的合作搭建了平台。
质检
2007年10月，中国与东盟举行了以“加强进出口食品安全管理合作，保护消费者权益”为主题的“第一届中国－东盟质检部长会议”，标志着中国东盟质检部长磋商级机制正式建立。会议发表了旨在加强食品安全合作的《联合声明》。
根据中国－东盟《关于加强卫生与植物卫生合作的谅解备忘录》（SPS备忘录），以“加强动植物检验检疫合作，防范外来有害生物跨境传播”为主题的第二届中国－东盟质检部长会议在柬埔寨召开。
2009年，双方签署了中国－东盟政府间《关于加强标准、技术法规与合格评定领域合作的谅解备忘录》（TBT备忘录），以“产品质量和安全”为主题的第三届中国－东盟质检部长会议于2011年10月举行。
中国国家质检总局在与东盟各国进行质检合作的同时，也积极为东盟国家开展质检领域人力资源培训，已完成的有关培训项目包括：“中国－东盟出入境检验检疫官员研讨会”、“中国－东盟SPS合作协调员研修班”、“中国－东盟防止禽流感跨境传播研讨班”等。
海关
中国和东盟在2003年正式启动了海关领域合作。双方建立了定期署级磋商机制和专家级海关协调委员会磋商机制。截至2011年，中国－东盟海关署长磋商会共举行了9次。
截至2006年1月，中国与东盟海关专家委员会磋商会共召开了6次，共提出海关合作9个优先领域。2007年，东盟专家委员会更名为东盟海关协调委员会，当年12月，中国与东盟海关协调委员会第一次磋商召开，截至2011年，共召开了6次中国与东盟海关协调委员会磋商会。
中国海关连续6年为东盟成员国海关举办了6期不同专题的研讨会，近200名东盟海关官员参加。
中国海关计划于2011年至2013年通过举办6期“加快越老柬缅国家海关改革及现代化建设”项目培训班（2期/年），帮助四国海关加快改革及现代化发展步伐。